为全面贯彻落实习近平总书记对研究生教育工作的重要指示精神和《教育部国家发展改革委财政部关于加快新时代研究生教育改革发展的意见》《专业学位研究生教育发展方案（2020-2025）》等文件要求，深化科教融合和产科教融合，将人才培养与用人需求紧密对接，推进“定制化人才培养”，探索“专业学位+能力拓展”育人模式，我校开展了专业学位硕士研究生协同育人基地建设，中药学院已与中国科学院微生物研究所建立了基地合作，截止2022年已联合招生专业学位硕士研究生约10人。

中国科学院微生物研究所（以下简称微生物所）成立于1958年12月3日，其前身是中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室，目前已发展成为一个具有雄厚基础、强大实力和广泛影响的综合性微生物学研究和微生物技术研发机构。微生物所坚持“微生物、高科技、大产业”的战略定位，面向世界科技前沿，面向国家重大需求，面向国民经济主战场，围绕“生命与健康”和“资源生态环境”创新领域，以微生物资源、微生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，在研究微生物生物多样性、基本生命特征和生态功能的基础上，努力创建从微生物资源开发、功能改造和利用、生物技术创新到成果转化的自主研发体系，以服务国民经济主战场，服务国家重大需求，创建世界一流的微生物学研究中心和微生物技术研发基地。微生物所设有微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌学国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室五个重点实验室。2020年2月，依托微生物所成立了中国科学院农业微生物先进技术工程实验室。同时设有微生物资源与大数据中心和技术转移转化中心。另有依托微生物所建设中国科学院—发展中国家科学院生物技术卓越中心、中国科学院—发展中国家科学院新发突发传染病研究与交流卓越中心和中国科学院流感研究与预警中心。微生物所拥有亚洲最大的馆藏54万余号标本的菌物标本馆、国内最大的保藏量8万余株菌的中国普通微生物菌种保藏管理中心、数据资源总量超过3PB的国家微生物科学数据中心，是我国微生物资源与数据的核心支撑力量。研究所建有生物安全三级实验室、所级公共技术中心、SPF动物房等技术支撑平台，拥有一个藏书（刊）5万余册的专业性图书馆。目前挂靠微生物所的学术组织有中国微生物学会、中国菌物学会、中国生物工程学会3个国家级学会，微生物所与相关学会共同主持编辑出版的学术刊物有《微生物学报》、《微生物学通报》、《菌物学报》、《生物工程学报》及英文刊物MYCOLOGY。2021年9月，微生物所创办的微生物学高水平综合性英文期刊mLife获卓越行动计划高起点新刊资助。中国科学院微生物研究所在药学领域已具有4个相对稳定的学科专业方向：（1）微生物活性物质的发现与评价；（2）微生物催化酶的发现与设计；（3）微生物药物的生物合成与合成生物学；（4）抗感染药物的靶点筛选和药物设计。

截止2022年，研究所在沈阳药科大学联合招生导师8人，招生专业涵盖生物与医药、药学和中药学下设多个研究方向。联培研究生课程学习在沈阳药科大学完成，科研课题和专业实践主要在研究所完成。联培研究生培养实行“双导师”制，学校为联培研究生配备1名校内导师，协助基地导师为联培研究生制定培养计划，指导其课程学习、实践训练、学位论文开题、中期考核、学位论文评阅、答辩和学位授予等，以符合沈阳药科大学专业学位研究生培养程序和质量要求。